La génétique des populations étudie les variations génétiques à l'intérieur et entre les populations d'une espèce, dans le cadre de la biologie évolutive. Pour décrire et analyser la diversité des populations dans le temps et l'espace, elle s'appuie, depuis plusieurs décennies, sur le développement et l’utilisation de marqueurs moléculaires*, accompagnés d'un corpus théorique d'analyse des données obtenues. Le présent article se propose d'offrir un regard rétrospectif sur l'usage des marqueurs, depuis 30 ans, d'un point de vue qualitatif et quantitatif. Nous confrontons cette évolution technique à la foi aux credo qui imprègnent les écrits de notre communauté et aux promesses faites dans le cadre du financement des projets de recherche. Nous proposons de questionner la prééminence de la technique, ses conséquences environnementales, pour repenser le sens de notre discipline.