Les concepts de système d’innovation responsable ou d’innovation couplée mettent l’accent sur les interactions sociotechniques entre acteurs pour construire une vision commune des enjeux et les ressources nécessaires aux changements visés. Or, peu de travaux s’intéressent à la structuration de ces interactions à l’échelle des filières. La littérature sur les filières repose essentiellement sur une vision comptable ou logistique des flux matériels et financiers sans analyser les impacts des interactions entre opérateurs sur les processus de changement. Croisant la littérature économique sur les modes de gouvernance des transactions, les systèmes d’innovation et les transition studies, cet article analyse comment les interactions sociotechniques de filière, dépendant des modes de gouvernance des transactions, remplissent les fonctions d’un système d’innovation responsable ; et contribuent à définir la capacité de transition d’une filière. Cette réflexion s’appuie sur le contexte de différentes filières agricoles en France engagées vers la durabilité.