La vigne est une plante cultivée d’importance économique puisque la viticulture présente 15% de la valeur de la production agricole française pour une faible occupation des surfaces (3%). Pour autant, la viticulture fait présentement face à des difficultés liées, en particulier, à des problématiques de dépérissements du vignoble. Ces derniers sont multifactoriels (pathologiques, physiologiques, …) et impactent considérablement la durabilité des exploitations viti-vinicoles. Mieux les appréhender reste donc un défi actuel majeur. Dans ce cadre, il nous est apparu pertinent de travailler sur différents fronts complémentaires, tant dans les échelles d’observation, les approches utilisées et les finalités. L’approche cytologique, aux échelles tissulaire et subcellulaire, s’est avérée tout spécifiquement d’intérêt pour : (i) phénotyper les effets in planta de différents dépérissements ; (ii) localiser in situ certains agents infectieux responsables de dépérissement et (iii) appréhender l’effet ou la répartition de méthodes de lutte potentielle ou proscrite. Grâce à une collaboration étroite avec la plateforme d’imagerie DimaCell, nous avons ainsi pu passer au crible différents organes de la vigne (racines, bois, rameau). Par des techniques de stéréomicroscopie et microscopie électronique à balayage, nous avons été en capacité d’imager des répercussions physiologiques, tels que des évènements de thyllose ou de gommose. Par des observations en microscopie optique à partir de coupes semi-fines, nous avons pu phénotyper des dysfonctionnements méristématiques (cambium et phellogène) et vasculaires (altération du liber secondaire notamment). Par une approche d’hybridation in situ, nous avons pu développer des sondes moléculaires spécifiques de certains agents infectieux afin de les localiser in planta et de définir la niche écologique qu’ils occupent dans le végétal. Enfin, par des approches de microscopie électronique à balayage (couplée ou non à un détecteur-X), nous avons été à même de décrire la répartition (à la surface de plaies de taille) ou les répercussions (dans du vieux bois) de traitements phytosanitaires (badigeons ou traitement à l’arsénite de sodium).