Le virus Zika (ZIKV) fait l’objet d’un intérêt majeur en santé humaine suite à une vaste épidémie débutée en 2015. La protéine d’enveloppe E est essentielle au virus pour pénétrer dans les cellules, mais elle est également la cible principale de la réponse anticorps induite par l’infection naturelle ou les vaccins en cours de développement. Par conséquent, déterminer la tolérance mutationnelle de cette protéine est important pour comprendre sa fonction, sa capacité d‘adaptation pour échapper aux anticorps neutralisants, et son potentiel d'évolution. Les contraintes fonctionnelles sur les protéines virales sont généralement évaluées en analysant la conservation des séquences parmi les souches naturelles. Cette approche s’avère relativement inefficace dans le cas de ZIKV, car les séquences connues sont toutes très similaires. Nous avons opté pour une stratégie alternative afin de cartographier les contraintes fonctionnelles sur la protéine E de ZIKV. En utilisant un système de génétique inverse développé précédemment, couplé à de la mutagénèse dirigée haut débit, nous avons évalué comment toutes les mutations possibles d'acides aminés affectaient la capacité du virus à se répliquer, in-vitro, dans les cellules cibles. La carte séquence-fonction résultante est cohérente avec les connaissances existantes sur la structure et la fonction de cette protéine. Elle fournit également un aperçu des contraintes sur des régions de la protéine peu caractérisées d’un point de vue fonctionnel. Nous avons approfondi cette approche en analysant quelles mutations tolérées affectaient la neutralisation du virus par deux anticorps monoclonaux, ce qui nous a permis de définir avec précision leurs épitopes. Notre étude est une ressource précieuse pour comprendre les capacités de mutations de cette protéine virale essentielle, et les effets de ces mutations sur sa fonction. Ce travail fournit un complément majeur aux connaissances existantes sur la structure physique de la protéine E, et offre également une feuille de route pour les travaux futurs visant à cartographier en profondeur la sélection fonctionnelle et antigénique du virus Zika.