Cette thèse quantifie les répercussions économiques liées à la survenue d’une épidémie d’élevage. Ces maladies constituent un risque de production aux implications multiples, occasionnant parfois un risque qui s’étend à toute la filière animale, voire à l’ensemble de l’économie du territoire touché, comme le montre par exemple la crise de la vache folle de la fin des années 1990. La littérature économique montre que ces crises constituent un évènement catastrophique de marché, qui entraîne un ajustement progressif dans la conduite des troupeaux. Nous proposons donc une modélisation des dynamiques de marché en élevage, permettant de capter les effets indirects et de long terme liés à la survenue d’une épizootie. L’analyse révèle que ce choc pèse sur l’endettement et peut mener à la faillite d’exploitations agricoles. L’accès au crédit joue un rôle déterminant pour la pérennité des activités d’élevage, qui in fine pénalise aussi les consommateurs. A l’échelle des territoires, la compréhension des répercussions d’une crise sanitaire passe par une modélisation en équilibre général calculable dynamique, intégrant à la fois les décisions intertemporelles des agents, dont les éleveurs, et des imperfections des marchés des facteurs de production. Le modèle est appliqué à la région Bretagne, dont les secteurs d’élevage occupent une place importante pour le tissu économique local. Les résultats de simulations montrent que le choc sanitaire pèse sur l’ensemble des filières animales, pour finalement toucher l’économie locale dans son ensemble. Dans ce contexte, le manque de flexibilité des marchés du capital et du travail accroît significativement le coût social de la maladie et freine le retour de l’activité économique. Enfin, nous montrons qu’un soutien public aux revenus des agriculteurs en période de crise tend à diminuer l’ampleur du choc et sa durée. La participation des agriculteurs à cette politique, via la mise en place de fonds mutuels, déplace le coût de gestion du risque vers ces acteurs, mais se révèle finalement plus coûteuse socialement.