Il est désormais bien reconnu que les activités agricoles sont à l’origine d’une grande part de la pollution des nappes souterraines par les ions nitrate. Le cas des plaines alluviales est particulièrement intéressant puisqu’elles associent la présence d’un sol riche et profond, très favorable à l’agriculture, et d’une nappe alluviale peu profonde. Dans ce travail nous nous sommes intéressés à deux types de plaine alluviale. La plaine alluviale de la rivière Alegria (Pays-Basque ; Espagne) représente le cas d’une nappe alluviale avec un cours d’eau de faible importance. La recharge de l’aquifère se fait alors principalement par l’infiltration et la percolation de l’eau à travers la zone non saturée du sol. Dans une telle situation les fuites de nitrate sous les parcelles agricoles influencent donc significativement les concentrations en nitrate de la nappe. La modélisation de deux situations culturales (une culture de pommes de terre en 1993 et une culture de betteraves à sucre en 2002) avec le modèle de culture STICS a permis d’une part de confirmer que les pratiques agricoles avaient un impact significatif sur l’évolution des concentrations en nitrate de la nappe, et d’autre part d’expliquer en partie la diminution des concentrations en nitrate de la nappe qui a été observé entre les études (1993 et 2002). La plaine alluviale de la Garonne correspond à une situation ou les concentrations en solutés de la nappe sont influencées par les échanges nappe-zone non saturée mais également par les échanges nappe-rivière. Le couplage des sorties du modèle STICS (drainage et concentration en nitrate) avec le modèle hydro-biogéochimique 2SWEM a permis de rendre compte de ces deux types d’interactions, et ainsi d’une part d’expliquer la répartition spatiale des concentrations en nitrate dans la nappe alluviale, et d’autre part d’évaluer l’impact de modifications des pratiques agricoles sur ces concentrations (notamment l’effet des Cultures Intermédiaires Piège À Nitrate).