Ce travail présente une contribution à l'économie de l'innovation en traitant la question de la rationalité des choix en recherche. Les différents développements qui sont proposés prennent l'industrie des semences comme cas de référence. L'accent est mis d'abord sur les interactions entre entreprises qui peuvent prendre deux formes complémentaires. La première partie traite des interactions dans le cadre marchand en expliquant les ventes des produits à partir des effets de diffusion et de différenciation des produits. La seconde partie traite des interactions dans le cadre de l'organisation de la recherche. La question de la rationalité des choix est ensuite abordée à l'aide d'un travail de modélisation évolutionniste. Un premier modèle est construit dans un cadre où les processus d'innovation ont des performances données et connues des acteurs (régime stable). Un second modèle est ensuite greffé au premier pour envisager un cas où une nouvelle technologie peut être utilisée dans l'activité d'amélioration des plantes (régime d'apprentissage). Les deux modèles permettent aussi d'étudier la rationalité de certains choix concernant la recherche publique, par leurs effets sur la rationalité des choix des entreprises.