Le fil directeur de mes travaux de recherche est d’identifier et comprendre, à l’aide des outils de génomique fonctionnelle, les mécanismes moléculaires qui interviennent dans la construction de la qualité de la matière première pour des espèces végétales d’intérêt agronomique. La première partie de ma carrière (1994-2017), réalisée dans l’UMR SPO (Sciences Pour l’œnologie) a été consacrée à la compréhension de certains critères de qualité du raisin pour la fabrication du vin (acidité, teneur en métabolites secondaires et plus particulièrement en polyphénols). Depuis 2017, mes travaux à l’UMR AGAP (Amélioration, Génétique et Adaptation des Plantes) concernent le sorgho et les cibles prises en considérations sont la qualité de la biomasse (composition de la tige pour différents usages tels que l’énergie ou les biomatériaux), et la qualité du grain pour l’alimentation (teneur et digestibilité des protéines, composition en métabolites secondaires). La stratégie générale que je développe est d’identifier des différentiels pour le caractère étudié, qu’ils soient liés au tissu considéré, au stade de développement, au génotype ou à l’effet de l’environnement. Ces différentiels sont ensuite exploités par une approche multi-échelle : métabolomique, transcriptomique et génétique (pour les différentiels liés au génotype) afin de mettre en évidence les acteurs moléculaires potentiellement impliqués dans les phénotypes, leur variabilité et de valider leur fonction. Les outils ont considérablement évolué au cours de ces années, avec l’apparition du haut-débit pour les stratégies « omiques », et les séquençages des génomes d’un très grand nombre de plantes, ces avancées facilitant ainsi les passerelles entre la génétique et la génomique fonctionnelle.