Le projet ANR PANORAMICS a pour but de mieux caractériser les photogranules oxygéniques (agrégats microbiens photosynthétiques compacts et sphériques) dans l’objectif de substituer à terme le procédé à boues activées pour la dépollution des eaux usées. Afin d’accroître les connaissances sur les photogranules, il est nécessaire de développer de nouvelles méthodologies de couplage des analyses multi-omiques dans des séries longitudinales. Les travaux présentés visent à proposer un protocole de co-extractions réalisées à partir d’un homogénat commun adapté à la fois aux analyses métabolomique et transcriptomique. Des lots de 50 photogranules de diamètre moyen de 800 µm ont été soumis à des cycles de lumière et d’obscurité, en présence ou non de substrats carbonés. En fonction des conditions appliquées, les activités photosynthétiques et/ou hétérotrophes étaient stimulées. Des essais ont été réalisés dans le but d’optimiser la technique d’extraction des photogranules en minimisant le nombre de photogranules à utiliser pour obtenir des spectres RMN et des extraits d’ARN de bonne qualité. Le protocole optimisé a été utilisé pour l’extraction de 200 échantillons et a permis de combiner métabolomique et métatranscriptomique à partir d’un même échantillon de départ d’environ 200 mg. La qualité des spectres RMN obtenus et la qualité des ARNs ainsi que leur concentration démontrent que ce protocole a fonctionné. L’utilisation d’un protocole de co-extraction permet de s'affranchir de quelques biais notamment des variabilités pouvant provenir de l'échantillonnage.