Le fonctionnement par éclusées engendre des fluctuations de débits à l'aval des ouvrages, qui s'accompagnent de modifications rapides et brutales des paramètres physiques de l'habitat des poissons. La méthode des microhabitats, dérivée de l'IFIM américain, a d'abord cherché à résoudre les problèmes de définition des débits réservés dans les secteurs court-circuités. Elle a été ici adaptée pour des rivières sujettent à éclusées (Ance du Nord et Oriège). Ce qui a supposé l'addition de nouveaux descripteurs de l'habitat pour tenir compte de ces aspects temporels, en particulier par la truite fario. La chronologie de débits et des habitats est analysée en terme de durée et fréquence. Les situations à éclusées sont comparées avec celles des secteurs témoins. Les résultats indiquent que les variations d'habitat sont très liés au règime des débits et à la morphologie ; les effets des éclusées sur les paramètres d'habitat différent dans les secteurs à profil encaissé de celles à profil évasé. Dans les deux cas, l'existence de refuges hydrauliques est essentielle pour que les organismes puissent supporter les variations des paramètres physiques. Cette approche aide à mieux comprendre l'effet des facteurs physiques limitants dans des situations de variations de débit à très court terme.