L`intensification de l`agriculture en Bretagne ces 20 dernières années a notamment généré une augmentation des apports azotés au milieu naturel, et a ainsi provoqué une augmentation des concentrations en nitrate dans les eaux de surface. Bien souvent au-delà les normes sanitaires, cette augmentation entraîne des surcoûts (assainissement, respect des directives européennes, coût environnemental). Les recherches menées au sein de l`équipe TERREAU (Cemagref Rennes), notamment dans le cadre de 2 thèses, ont pour but de mieux comprendre les mécanismes de transformation de l`azote lors de son transfert de la parcelle agricole à l`exutoire du bassin versant. Ces travaux sont nécessaires à la mise en oeuvre et l`amélioration des modèles agro-hydrologiques spatialisés à l`échelle du bassin versant, qui sont les outils les plus élaborés d`aide à l`aménagement et à la reconquête de la qualité de l`eau.Un des axes de recherche est la mesure spatialisée, dans un bassin versant agricole, de la dénitrification hétérotrophe. En effet, en Bretagne, on constate une déconnexion entre les pratiques agricoles et les flux d`azote. Quelle que soit la méthode de calcul, il y a en général une différence entre le solde du bilan de l `azote et le flux annuel mesuré dans l `eau à l`exutoire (abattement). Une partie de cet abattement est attribuable à la dénitrification hétérotrophe dans les zones humides, mais de fortes incertitudes existent encore sur sa quantification à l`échelle du paysage. Grâce à un suivi exhaustif des pratiques agricoles et des flux d`azote du bassin versant de la Fontaine du Theil, complété par des mesures in-situ régulières et réparties dans tout le bassin de la dénitrification, un modèle agro-hydrologique spatialisé permettra une estimation mieux contrainte et plus fiable de la dénitrification et des autres termes du bilan azoté. Cette étude est réalisée en lien avec de nombreux programmes de recherche portés par le CAREN auquel l`unité GERE est associée.L`autre axe de recherche se focalise sur les transferts et transformations de l`azote au sein du système zone riparienne / cours d`eau / sédiments. En effet, il existe des relations importantes mais non quantifiées des évolutions. L`un des objectifs de cette seconde thèse est la quantification fine des interactions entre les petits cours d`eau et leurs sédiment à travers des bilans de matière (flux d`azote et carbone) entrée-sortie sur des tronçons de réseau hydrographique. Ces études des flux portent sur différents types de substrats sédimentaires et différentes concentrations en nitrates dans la colonne d`eau. Une relation simple est recherchée entre la rétention d`azote, la concentration en nitrate et la typologie des sédiments, afin de permettre une intégration dans les modèles. Ces deux axes de recherche, de part leur complémentarité spatiale, permettront à terme de modéliser plus finement les processus d` auto-épuration et de rétention de l`azote à l`échelle du bassin-versant.Nous présenterons les méthodes employées pour l`évaluation des flux, c`est à dire les techniques de traçage et les techniques d`évaluation des émissions gazeuses utilisées (traçage au brome et blocage à l`acétylène), et les premiers résultats obtenus.