Les Diatomées sont des algues brunes unicellulaires microscopiques, planctoniques et benthiques, prédominantes dans les eaux courantes des sources à l'embouchure. Leur rémanence (squelette siliceux) et leur diversité, leur sensibilité face à de nombreux facteurs physiques et chimiques, en font d'excellents indicateurs bio-intégrateurs de la qualité des eaux des milieux lotiques. Depuis 1994, l'Indice Biologique Diatomées (IBD) est utilisé en France en routine par les Agences de l'Eau pour la surveillance de la qualité des rivières, mais cet indice est voué à évoluer très rapidement et de façon substantielle. En effet la Directive Européenne sur l'Eau (2000/60/EC) exige que les pays membres atteignent le "bon état écologique "d'ici 15 ans. Or, ceci suppose que la qualité de l'eau soit évaluée de façon équivalente au sein de l'Europe. Sachant que plus d'une vingtaine de méthodes basées sur les diatomées y sont répertoriées, un important effort de standardisation devra être effectué (rôle des Commissions Européennes de Normalisation). D'autre part, aucune méthode ne peut être actuellement utilisée partout en Europe car la pertinence des indices dépend beaucoup de notre capacité à distinguer les variations naturelles observées au sein des communautés diatomiques des variations d'origine anthropique. La recherche actuelle se penche donc sur l'étude de l'effet des paramètres environnementaux sur la structure des assemblages diatomiques, afin d'aboutir à la définition de zones écologiquement homogènes, pour lesquelles seront décrits des assemblages-types caractérisant des situations de référence (non anthropisées) dans un premier temps, puis différents degrés d'altération. Cette démarche, qui fait intervenir des outils de modélisation innovants tels que les réseaux artificiels de neurones, constitue un axe privilégié de développement en bio-indication diatomique. C'est un des principaux sujets du programme européen de recherches 5ème PCRD PAEQANN, dont les premiers résultats obtenus sur un jeu de données pilote seront ici présentés.