La réflexion du Cemagref et de l'ENGREF autour de l'ingénierie écologique ne pouvait, au moins pour l'ENGREF dans un premier temps, se concevoir sans l'imaginer en terme de formation. Cette réflexion nous a conduits à bâtir une formation spécifique intitulée "Ingénierie écologique", réservée aux élèves de 1ère année de l'ENGREF, fruit d'un montage commun et lieu de rencontre de nombreux conférenciers du Cemagref, du CNRS, de l'INRA et de conservatoires botaniques.