Les communautés de macrophytes font partie des biocénoses retenues pour l'évaluation de l'état écologique des plans d'eau de la Directive Cadre Européenne sur l'Eau. Présentes dans de très nombreux types de plans d'eau, elles y jouent des rôles divers et importants. En cours d'élaboration au niveau européen, les méthodologies de leur examen s'appuient sur leur diversité spécifique et sur l'abondance et des critères de valeur bio indicatrice de chaque taxon. Bien que l'arrivée de plantes aquatiques exotiques soit un phénomène connu depuis plus d'un siècle en France, il s'est largement accéléré depuis quelques décennies et diverses espèces hydrophytes ou amphibies colonisent de nombreux plans d'eau de plaine où elles sont susceptibles de causer, outre des nuisances vis-à-vis des usages humains conduisant à des interventions de régulation, des impacts négatifs sur le développement de nombreux taxa et des réductions de biodiversité des communautés indigènes dont l'ampleur est encore mal estimée. Ces impacts créent de fait une difficulté notable dans l'évaluation de l'état écologique et ce à plusieurs titres : connaissance insuffisante de leur écologie, dynamique de colonisation pouvant notablement modifier l'état des communautés indigènes sur des délais proches de la périodicité de retour des évaluations d'état écologique, perturbations indirectes causées par les interventions de régulation. Des exemples se référant aux données acquises lors de suivis s'étalant sur plus de quinze ans dans différents lacs et étangs du littoral aquitain concernés par ces invasions biologiques seront utilisés pour illustrer ces difficultés et proposer une démarche pouvant éventuellement les pallier.