Notre article fait le point sur des développements récents de la littérature qui mettent l'accent sur l'articulation entre les deux volets du programme de recherche de la nouvelle économie institutionnelle : le volet institutionnel (North) et le volet organisationnel (Williamson). Nous reprenons à notre compte une intuition théorique développée par Ménard (2003) et arguant du rôle clé de la notion de « micro-institution » dans l'encadrement des transactions de services collectifs en général et de services environnementaux (eau, déchets) en particulier. L'idée défendue dans notre article est que les micro-institutions contribueraient à réduire les coûts (supportés à la fois par les agents régulés et le régulateur) des contrats administrés de services collectifs environnementaux. Nous proposons une application aux contrats de recyclage des déchets organiques (boues d'épuration) signés entre les communes françaises et les agriculteurs. L'originalité de notre travail repose également sur le protocole empirique mis en oeuvre et les indicateurs de coûts utilisés.