La Directive 2000/60/CE établissant un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l`eau vise à maintenir et améliorer la qualité de l`environnement aquatique d`ici 2015. L`article 16 de la Directive impose en particulier de définir des normes de qualité environnementale (NQE) pour les substances prioritaires proposées par la Commission européenne. Ces normes de qualité sont des concentrations seuil qui ne doivent pas être dépassées dans le milieu pour assurer la protection des écosystèmes aquatiques et de la santé humaine. Cet article synthétise tout d`abord les connaissances concernant la méthodologie générale pour la détermination des NQE et commente les choix proposés par la Commission Européenne, puis examine certaines des difficultés rencontrées pour établir les NQE pour les substances prioritaires de la DCE et pour leur mise en application. La détermination des NQE s`appuie sur les données d`écotoxicité pour les organismes aquatiques disponibles dans la littérature, mais tient également compte des normes déjà définies pour l`eau et les denrées destinées à la consommation humaine (poissons, coquillages, crustacés). Des valeurs de NQE provisoires ont été établies par la Commission Européenne en 2004 pour les 33 substances prioritaires uniquement pour les eaux de surface. La définition des seuils est particulièrement problématique pour les métaux en raison de leurs particularités qui les différencient des substances organiques. La détermination des seuils pour le compartiment sédimentaire et pour les tissus des organismes aquatiques est également difficile notamment en raison du manque de données écotoxicologiques sur ces compartiments. Des modèles (équilibre de partage entre l`eau et les sédiments, bioconcentration dans les organismes) permettent d`établir des correspondances entre les concentrations dans l`eau, les sédiments ou les organismes, sous l`hypothèse, simplificatrice et pas toujours pertinente, d`un équilibre entre ces compartiments. Actuellement le parti pris par les experts missionnés par la Commission Européenne serait d`utiliser ces compartiments pour la collecte de données sur l`état des milieux aquatiques, mais d`évaluer les écarts aux NQE uniquement dans l`eau.