La mise en place de la Directive Cadre sur l'Eau (DCE), qui doit se traduire notamment par une intensification du contrôle des contaminants chimiques, a des conséquences importantes en terme de développements analytiques. Afin d'assurer la comparabilité des données au niveau européen, il apparaît indispensable de développer des méthodes de mesure appropriées et validées au plan international et d'organiser des exercices d'intercomparaison.Selon les travaux de la commission européenne, ce sont les concentrations totales de contaminants dans les eaux qui devront être comparées aux Normes de qualité environnementale (NQE) proposées pour les substances organiques prioritaires et uniquement les concentrations dissoutes pour les métaux. La surveillance des substances organiques prioritaires devra donc être faite sur la concentration totale de ces contaminants dans l'eau. Il apparaît que les méthodes standardisées pour l'analyse des contaminants organiques dans les eaux ne donnent pas de recommandations claires et harmonisées pour traiter les eaux riches en MES. Notre étude a mis en évidence une carence générale des méthodes normalisées concernant l'analyse des substances organiques dans les eaux chargées en MES et dans les MES, bien que des méthodes sur le sujet soient publiées dans la littérature scientifique. Il est évident que l'extraction d'eaux brutes contenant de fortes teneurs en MES sera bien moins efficace pour les substances caractérisées par un logKp>3 (e.g., HAP, PBDE, trichlorobenzènes, pentachlorophénol, endosulfan, etc.) que si elle est réalisée sur les MES elles-mêmes, en utilisant des méthodes d'extraction développées spécifiquement pour les phases solides, telles que les sédiments ou les sols. A contrario, le développement récent des méthodes de prétraitement des échantillons par extraction sur phase solide (SPE) présente des avantages certains, mais leur domaine d'application doit être explicité (eaux « propres » ou contaminants polaires pour les eaux chargées en MES). Deux exemples seront présentés pour illustrer notre propos (HAP et pesticides).