Les macrophytes aquatiques, compartiment clé des rivières, ont été très étudiés en petits cours d'eau mais peu de travaux se sont intéressés à leur fonctionnement en grands cours d'eau. On rencontre pourtant dans ces systèmes des conditions environnementales particulières qui influencent la répartition et la dynamique de cette végétation (profondeurs, largeurs importantes, forte contrainte hydrodynamique). Quelle répartition, quelle dynamique de ces macrophytes aquatiques va-t-on observer dans ces milieux, et quelle information est portée par les zones rivulaires par rapport aux zones centrales plus profondes, en terme de richesse spécifique et de recouvrement ? A travers le suivi de huit stations sur la Garonne et la Dordogne, la répartition de cette végétation a été analysée. Deux méthodes complémentaires, dont les résultats sont comparés, ont permis l'évaluation des recouvrements et de la richesse spécifique de la végétation aquatique : une méthode indirecte dite des points-contacts et une méthode d'estimation des recouvrements de type relevé IBMR, Indice Macrophytes Biologique en Rivières. La répartition des végétaux qui apparaît essentiellement dans les zones rivulaires peu profondes, est explicable par de nombreux paramètres environnementaux essentiellement abiotiques (profondeur, luminosité, substrat, mais aussi vitesses de courant). Les zones profondes n'apportent pas une information riche en terme de biodiversité, mais sont importantes quant à la dynamique des macrophytes dans des conditions particulières de profondeurs et de vitesse de courant. Les résultats de cette étude pourront être utilisés dans le cadre de l'application de l'IBMR en grands cours d'eau, à travers une critique méthodologique relative à l'échantillonnage des zones profondes.