Une étude a été engagée afin de fournir une synthèse sur l'importance des flux de gaz à effet de serre (CH4, N2O) et d'ammoniac (NH3) liés à la gestion des déjections animales, ainsi que sur les moyens de réduction de ces émissions. Elle se constitue d'un travail de synthèse bibliographique et est finalisée sous la forme d'une base de données permettant l'inventaire national de ces flux. La méthodologie par bilan matière a été retenue pour élaborer le calcul des émissions azotées et de méthane ainsi que pour évaluer l'impact de technologies de réduction. Un important travail bibliographique a été mené pour déterminer les facteurs d'émissions à utiliser dans les calculs. Il a été accompagné d'une collecte de données sur les modes d'élevage, les caractéristiques des animaux et de leurs déjections. L'outil de calcul a été développé sous forme d'une base de données Access qui prend en compte la méthodologie par bilan matière et en intégre l'ensemble des données nécessaires au calcul. Le calcul de l'inventaire national des émissions liées à la gestion des déjections a permis d'estimer les émissions de méthane à 365,2 kt C-CH4 (majoritairement liées aux bovins et aux postes bâtiment et stockage), les émissions de protoxyde d'azote à 28,7 kt N-N2O (émis principalement par les bovins au pâturage, ainsi qu'au cours de l'épandage) et les émissions d'ammoniac à 382 kt N-NH3 (avec une répartition plus homogène entre les espèces animales et les postes d'émissions). L'analyse de l'incertitude sur ces résultats a mis en évidence la nécessité d'affiner les données pour certains cas. Des technologies de réduction des émissions ont été sélectionnées et leur impact sur les émissions globales a été évalué par la base de données. Ainsi, la baisse du taux protéique dans l'alimentation permettrait d'atteindre une diminution des émissions azotées de 1-5% pour les porcs et de 5-6% pour les bovins. La digestion anaérobie diminuerait les émissions globales de méthane de 15%. L'impact de la couverture des fosses ou de la vidange journalière du lisier dans les bâtiments ont un impact important sur les postes d'émissions concernés, mais ces techniques contribuent à augmenter les émissions aux postes suivants. Globalement, la vidange journalière de la préfosse permet une réduction de 8% du méthane et la couverture de fosse une baisse de 2% de l'ammoniac. Des scénarios complexes, couplant plusieurs technologies entre elles ont alors été évalués. Un scénario maximisé a permis d'atteindre des baisses de 7-8% pour les GES et de 35% pour le NH3. Dans un scénario plus réaliste, axé sur la réduction des GES, le CH4 a été réduit de 9%, le N2O de 4% et le NH3 de 16%.