Ce rapport compte 4 lots regroupant une synthèse de données thermiques, physico-chimiques et biologiques (macroinvertébrés benthiques et poissons) collectées sur le Rhône français. Le résumé indiqué ci-dessous est général pour l'ensemble des travaux réalisés. L'étude thermique globale du Rhône, lancée en 2000 à l'initiative de la DRIRE Rhône-Alpes en partenariat avec la DIREN, l'Agence de l'Eau Rhône Méditerrannée et Corse, le Service de la Navigation et EDF a pour objectif de déterminer l'incidence des rejets de chaleur cumulés sur le régime thermique du fleuve et les effets hydrobiologiques qu'ils engendrent. Après une description du régime thermique du Rhône (phase 1), et une évaluation de l'échauffement apporté par les CNPE (Centres nucléaires de production d'électricité) en phase 2, la phase 3 concerne l'impact hydrobiologique de ces échauffements cumulés de l'amont vers l'aval. Dans sa partie française, le Rhône est équipé d'aménagements hydroélectriques et de navigation qui engendrent des conditions hydro-morphologiques très différentes entre des écoulements semi-naturels rapides, des retenues à écoulements plus lents, des canaux, des tronçons court-circuités à débit régulé qu'empruntait le lit original du fleuve. A ces facteurs hydro-morphologiques qui structurent les habitats, se superposent depuis la fin des années 70 des changements dans la qualité chimique de l'eau (réduction de la pollution organique et de certaines pollutions toxiques), et le développement d'espèces exogènes qui influent sur la structure biologique et le fonctionnement de l'écosystème rhodanien. Par ailleurs, au cours des trois dernières décennies, le régime thermique du Rhône a été principalement affecté par le changement climatique qui s'est traduit par un échauffement moyen d'environ 1,5°C sur le haut Rhône et 3,0°C sur le bas Rhône. Dans cette dérive générale des températures, la part des échauffements cumulés causés par les rejets thermiques des CNPE est estimée à environ 0,5°C sur le haut Rhône et 1,0°C à Aramon sur le bas Rhône (valeurs médianes sur les quinze dernières années). Des traitements statistiques effectués sur les données de la surveillance hydro-écologique à long terme des CNPE indiquent que les modifications constatées sur les peuplements de macro-invertébrés et de poissons s'expliquent en premier lieu par les effets du changement climatique. En réponse à l'élévation de température, une modification générale dans la structure des peuplements de macro-invertébrés et de poissons est observée sur le haut Rhône au cours des 25 dernières années et particulièrement au cours de la dernière décennie: les espèces thermophiles et lénitophiles sont favorisées alors que les espèces sténothermes d'eau froide et rhéophiles montrent une tendance à la régression. Ces évolutions sont plus nettement visibles aux stations à l'aval proche du CNPE de Bugey qui sont exposées en permanence à des échauffements plus élevés (environ + 5°C et + 9°C) que ceux réalisés après mélange du rejet du CNPE. Sur le bas Rhône, où les peuplements étaient déjà dominés par des taxons thermophiles et lénitophiles, cette dérive est également observée mais elle est moins marquée. Dans les tronçons court-circuités et les annexes hydrauliques, le régime thermique est en grande partie indépendant de la température du Rhône en période estivale; dans les conditions actuelles ces milieux à haute valeur écologique ne sont pas affectés par les rejets thermiques des CNPE. Enfin, quelques recommandations sont formulées. Elles portent sur des ajustements des programmes de surveillance hydro-écologique des CNPE et du programme de surveillance renforcé en cas de crise climatique ainsi que sur des actions de recherche. Dans ce domaine, il est préconisé de développer des modèles hydrodynamiques d'habitat sur les secteurs à fort enjeu écologique couplant les conditions hydrologiques et thermiques.