Le rôle de la température sur l'organisation et les activités biologiques en cours d'eau n'est plus à démontrer. Considérer la sensibilité biologique des cours d'eau face au réchauffement nécessite une prise en compte des contextes d'échelle qui font l'identité dynamique d'un système d'eau courante. On connaît de multiples aspects régulateurs de la température sur les fonctions biologiques élémentaires, mais peu sur les interactions que son accroissement va générer à l'échelle des communautés. Des incertitudes s'ajoutent également au titre du changement global dans lequel s'inscrit le réchauffement. Des réponses biologiques au réchauffement climatique sont mises en évidences sur de grands cours d'eau (Rhône, Saône) où sont effectués des suivis à long terme pour les invertébrés et les poissons. Dans d'autres systèmes, seules des comparaisons adaptées entre des observations passées et actuelles sont, et seront, en mesure de statuer sur un effet climatique. La sensibilité biologique d'une eau courante au réchauffement dépend fondamentalement des contextes initiaux sur lesquels s'applique les modalités du réchauffement. En croisant les traits essentiels de l'hydrologie, de l'hydromorphologie des tronçons, et ceux de l'édifice trophique présent, déclinés sous des aspects énergétiques et dynamiques, cette notion de sensibilité peut être approchée. Une échelle de facteurs de résistance ou de résilience peut être élaborée à partir du croisement des variables fondamentales présidant aux structurations physiques et biologiques des cours d'eau.