L'effet de l'élévation de la température des cours d'eau sur le milieu aquatique, largement débattu au cours des années 60-70 qui ont vu le développement des centrales thermiques, pose de nouveau question aujourd'hui, dans un contexte de réchauffement climatique. Le programme « thermie et hydrobiologie », monté en partenariat entre EDF R&D et le Cemagref a vu le jour début 2008, afin d'améliorer les connaissances dans ce domaine. La première étape vise à synthétiser les préférences thermiques des différentes espèces de poissons peuplant les cours d'eau français où sont situés les centrales nucléaires (CNPE) et thermiques à flamme (CPT). Ce rapport propose donc un point sémantique des principaux termes employés, puis effectue un bilan des références bibliographiques recueillies. La localisation de l'étude dans les portions de cours d'eau français de taille moyenne à grande, où sont situés la plupart des CNPE et CPT, cible en priorité 22 espèces de poissons, dont deux migratrices : la grande alose, la lamproie marine (espèces migratrices), l'ombre commun, le blageon, le toxostome, le hotu, le goujon, le chevesne, la vandoise, le spirlin, le barbeau fluviatile, la bouvière, la perche fluviatile, le brochet, le gardon, la grémille, l'ablette, le sandre, la perche soleil, la brème commune, la brème bordelière et le silure. La littérature fait état de nombreuses expériences en laboratoire dont le but était de déterminer les températures limites supportées par les organismes. Deux protocoles sont régulièrement utilisés : l'Incipient Lethal Temperature technique (ILT) et la Critical Thermal Method (CTM). Le premier consiste à relever le taux de mortalité d'un groupe de poissons soudainement transféré dans un milieu à température proche de la limite thermique supposée tolérée par l'espèce. Le second soumet un groupe de poissons à une élévation progressive de température jusqu'à un seuil sublétal. Ces deux méthodes sont complémentaires des observations in situ dans l'approche des préférences thermiques des poissons. La quantité de données recueillies est variable d'une espèce à l'autre et même d'un stade à l'autre au sein d'une même espèce. Six espèces sont notamment trop peu renseignées pour déterminer des préférences thermiques précises. Néanmoins, les nombreuses références répertoriées permettent dès à présent d'identifier celles qui semblent les plus sensibles à une élévation de la température des eaux. Une seconde étape consistera à proposer des températures limites pour chaque stade et chaque espèce lorsque les données sont suffisantes. Ces seuils seront ensuite discutés avec les experts du domaine, afin d'aboutir à un document complet et partagé. Cette synthèse des connaissances pourra alors bénéficier aux études à venir, notamment dans le cadre du programme « thermie et hydrobiologie ».