Par ses objectifs d'atteinte et de conservation du bon état écologique et chimique des eaux, la Directive Européenne sur l'Eau (DCE) nécessite de fait la mise en place d'outils pour l'évaluation et la surveillance des milieux aquatiques et du résultat des actions entreprises pour atteindre les objectifs. Plusieurs problématiques nouvelles sont à considérer dans des délais contraints, comme le dosage de polluants à des niveaux de concentration très faibles, l'adaptation et le développement des méthodes de bioindication. De plus, la mise sur le marché de nouveaux produits et de nouvelles molécules rend nécessaire la mise au point continue de nouvelles techniques de détection des molécules ou de leurs résidus de dégradation dans les milieux aquatiques récepteurs. Les connaissances sur l'impact écologique de ces polluants dans les milieux aquatiques sont insuffisantes, et la vision nouvelle de l'évaluation écologique entraîne la refonte du principe de certains indices utilisés jusqu'ici, ainsi que le développement des approches corrélant pressions et impacts. D'autre part, les notions de qualité ou d'incertitude, déjà bien intégrées dans les domaines de l'analyse physique et chimique, n'étaient qu'embryonnaires en hydrobiologie. Ces approches doivent maintenant être généralisées. AQUAREF, le laboratoire national de référence de l'eau et des milieux aquatiques, a été créé à l'initiative du ministère chargé de l'écologie et lancé officiellement le 31 mai 2007. Il a pour mission générale l'appui aux pouvoirs publics sur les aspects techniques et scientifiques liés à la mise en ½uvre de la DCE en France, ainsi que d'être interlocuteur des instances techniques européennes ou des autres états membres. Aquaref est un consortium regroupant cinq établissements publics de recherche directement impliqués dans les démarches liées à la DCE : BRGM, LNE, INERIS, IFREMER et CEMAGREF. Les objectifs se déclinent autour des 2 axes « chimie » et « biologie », avec les principaux thèmes suivants : méthodes pour les substances visées par la DCE dans les eaux, sédiments, biotes et boues ; méthodologie de la bioindication (phytoplancton, invertébrés benthiques, diatomées et phytobenthos, macrophytes, poissons) ; amélioration de la comparabilité des données issues de la surveillance des eaux ; élaboration de prescriptions techniques relatives aux opérations de surveillance ; mise en place des réseaux de surveillance, exploitation et valorisation des données ; relations avec les instances européennes et groupes de travail techniques nationaux et internationaux qui requièrent des experts ; valorisation et transfert des résultats des projets européens au niveau national ; besoins émergents (veille scientifique), thèmes prioritaires et développements scientifiques et techniques ; réseau de laboratoires européens. Aquaref constitue à la fois un « guichet unique » pour optimiser les réponses fournies aux pouvoirs publics et une plateforme commune de réflexion et d'action permettant une synergie entre les cinq établissements membres, autour de thèmes fédérateurs liés à la problématique de la DCE.