Les biofilms microbiens assurent un rôle écologique majeur dans les petits cours d'eau. Ils interagissent avec les substances dissoutes et les contaminants (et notamment avec les pesticides) qui peuvent modifier leur structure et leur fonctionnement. Une exposition prolongée à ces molécules peut ainsi engendrer une pression de sélection au sein de la microflore et induire des mécanismes d'adaptation microbienne. Nous proposons ici d'illustrer cela à partir de suivis microbiens réalisés sur une rivière située en zone viticole et caractérisée par à une contamination croissante en pesticides d'amont en aval. Les résultats décrits montrent une augmentation significative le long du cours d'eau des capacités de tolérance des communautés autotrophes (microalgues et cyanobactéries) à l'herbicide diuron (majoritaire dans le milieu) et ce, quelle que soit la saison. Les variations temporelles de ce niveau de tolérance font toutefois apparaître une tendance saisonnière marquée, dépendante du contexte de contamination lié aux pratiques d'épandage sur le bassin versant. On observe également une forte augmentation des capacités de biodégradation du diuron en aval du cours d'eau, traduisant une adaptation des communautés microbiennes hétérotrophes (bactéries et champignons) au gradient de contamination. Ces capacités adaptatives, qui reflètent le niveau d'exposition dans le milieu, offrent donc des perspectives intéressantes dans une démarche de bio-indication d'une contamination par des produits phytosanitaires.