Les mesures réalisées dans le cadre du suivi 2009 de la qualité des eaux du lac des Eaux Bleues confirment les résultats obtenus lors des études des années précédentes : la qualité physico-chimique de l'eau et la qualité biologique du lac apparaissent relativement bonnes et correspondent à un niveau de trophie assez faible. La minéralisation globale de l'eau est modérée et comparable à celles des années antérieures. Cependant les fortes valeurs de printemps en phosphore total sont préoccupantes et semblent être le fait de relargage des sédiments. En M4 le phosphore semble rester le facteur limitant la production primaire planctonique alors qu'en M1 et M2 l'azote joue ce rôle. Les teneurs en pigments chlorophylliens se maintiennent à un niveau faible et sont en légère baisse par rapport à 2008. La transparence est relativement stable par rapport à 2007 et 2008 et atteint jusqu'à 5 mètres dans la partie amont du plan d'eau. La communauté phytoplanctonique semble bien équilibrée et présente des biomasses faibles qui ne dépassent pas 3,2 mg/l sur l'ensemble du plan d'eau. Les compositions taxinomiques varient beaucoup d'un point à un autre et se répartissent majoritairement dans 5 grandes catégories d'algues pour les 3 stations étudiées : les algues vertes, les diatomées, les cyanobactéries, les péridiniens et les algues dorées. Comme en 2008, le plan d'eau ne montre pas de prédominance des cyanobactéries dans la composition du phytoplancton. Leur part est variable lors des différentes campagnes et ne dépasse pas 40 % du peuplement. Microcystis aeruginosa apparait dès le mois de juillet dans la partie centrale du plan d'eau et en juin dans la partie aval mais dans de très faibles proportions et n'exède pas 0,20 mg/l de biomasse. Les mesures de microcystines donnent des résultats inférieurs au seuil de quantification (0,1 µg/l) et n'atteignent donc pas un niveau préoccupant vis-à-vis des risques sanitaires. La composition des communautés de macrophytes du plan d'eau est très variable d'une zone à l'autre. La richesse spécifique des hydrophytes est relativement importante, associant des espèces indicatrices d'une bonne qualité d'eau comme certaines characées (Nitella flexilis, Chara connivens, etc.) à des espèces plus ubiquistes comme l'élodée de Nuttall ou le myriophylle en épis. Les communautés d'hélophytes parviennent à se développer malgré la relative inhospitalité des berges et les pressions induites par les nombreuses activités humaines. Certaines zones de la partie amont du plan d'eau se révèlent être des sites potentiels d'accueil d'une diversité floristique importante et d'intérêt patrimonial particulièrement intéressant pour un plan d'eau d'origine anthropique. Enfin, le moissonnage des plantes provoque encore l'arrivée de débris de végétaux dans les zones rivulaires du plan d'eau et ce malgré l'utilisation du nouveau moissonneur. La compétition de ces débris flottants avec les espèces de macrophytes installées dans ces zones présente des risques pour le fonctionnement de ces communautés et peut représenter une entrave à certains usages du plan d'eau. D'une manière générale, le lac de Miribel est un système sensible nécessitant le suivi de la dynamique des macrophytes et des macro-algues pour assurer la compatibilité de sa qualité biologique avec les usages qui y sont développés.