Les écosystèmes aquatiques continentaux constituent l'une des cibles essentielles des politiques nationales et européennes de protection et de gestion des ressources, notamment au travers de la directive cadre sur l'eau (DCE). Parmi les compartiments du milieu aquatique qu'il convient de surveiller, évaluer et protéger, les sédiments constituent un élément essentiel, d'une part parce qu'ils abritent une faune diversifiée assurant des fonctions essentielles, d'autre part, parce qu'ils constituent des sites privilégiés pour l'accumulation des polluants et peuvent constituer des sources endogènes de contamination. Actuellement, l'évaluation de la qualité des sédiments s'effectue en laboratoire par des bioessais. Toutefois, ces batteries de tests n'intègrent pas les espèces les plus sensibles et les plus représentatives de ces milieux. Les indices biotiques fournissent une information synthétique de l'évaluation de l'intégrité et de la qualité biologique des écosystèmes aquatiques. Toutefois, ces indices, comme unique outil d'analyse de la qualité biologique des systèmes aquatiques montrent certaines limites, ne permettant pas un diagnostic précis sur l'origine de la dégradation. Ainsi, notre étude s'inscrit dans une volonté croissante de produire de nouveaux éléments de surveillance et de modélisation par l'étude du fonctionnement des communautés macrobenthiques in situ via la structure bio-écologique des communautés. Elle a pour objectif principal d'évaluer les effets des sédiments contaminés par des métaux sur les communautés macrobenthiques et plus particulièrement de spatialiser les impacts sur le gradient amont/aval. Pour répondre à cette thématique, nous avons choisi d'utiliser conjointement l'analyse des structures faunistiques stationnelles et des profils bioécologiques le long d'un gradient de perturbation métallique (Cr,Cu,Ni ) et physiques (retenues au fil de l'eau) sur le Fier à Annecy. De façon surprenante, les traits bioécologiques ne permettent pas de discriminer la contamination métallique au sein des retenues. A l'inverse, la structure faunistique des peuplements stationnels montre des différences significatives dans leur composition et leur organisation. Ce constat soulève des interrogations quant à la capacité de résilience de l'écosystème et des mécanismes de compensation entre taxons qui pourraient expliquer l'absence d'effets significatifs sur la structure bioécologique des peuplements stationnels. Les communautés macrobenthiques en aval des retenues montrent des différences bioécologiques significatives caractéristiques des perturbations subies par les systèmes. En aval de la retenue non impactée par les métaux, seule la durée de vie moyenne des taxons est perturbée. On observe ainsi une diminution de la durée de vie pouvant illustrer une stratégie de recolonisation du système ou d'adaptation à la variation saisonnière du régime des eaux accrue par la modification physique du cours d'eau. La retenue impactée par les métaux induit en son aval des différences significatives dans le profil biologique des modalités de dispersion et de résistance des taxons, notamment la diminution des capacités de résistance des peuplements. D'une manière générale, l'étude de l'impact de la contamination métallique de systèmes lentiques sur la macrofaune benthique serait plus pertinente sur une échelle mésohabitationnelle nous permettant notamment de caractériser les profils bioécologiques sur sédiments.