Cette étude vise à évaluer l'applicabilité de l'analyse des isotopes stables de l'azote (δ15N) et du carbone (δ13C) en estuaire pour comprendre le régime alimentaire des poissons et reconstituer le réseau trophique. En raison de leurs positions particulières dans les chaînes trophiques et du temps de résidence élevé en zone estuarienne pour certaine de leur écophase, l'anguille européenne (Anguilla anguilla), le maigre (Argyrosomus regius), le flet (Platichthys flesus) et le mulet (Liza ramada) ont été choisis pour vérifier la méthode et, si c'est la cas, appréhender des aspects écologiques inaccessibles jusque là. Une campagne de prélèvement, ayant pour but l'échantillonnage des prédateurs choisis ainsi que leurs proies potentielles, a alors été réalisée en septembre 2004 en différents points de l'estuaire. L'étude a montré que l'analyse des isotopes stables en estuaire permet de distinguer le niveau trophique des poissons et d'estimer l'origine de la matière organique qu'ils ont assimilée. Néanmoins, les capacités de l'analyse sont limitées en ce qui concerne l'étude du régime alimentaire et la reconstitution des réseaux trophiques car elle ne fournit pas, par elle seule, des informations relatives aux relations prédateurs proies. Ces travaux ont ainsi démontré la nécessité d'utiliser de façon complémentaire plusieurs outils d'étude des réseaux trophiques dont l'analyse des contenus stomacaux.