Dans la continuité des inventaires biologiques réalisés sur quatre des bassins de la barrière hydraulique de Crépieux-Charmy au cours des années antérieure, il est apparu nécessaire de poursuivre, en 2009, les investigations sur les cortèges algaux en présence afin de mieux en comprendre la dynamique de leurs développements afin de mieux les gérer. Le programme comportait la réalisation de deux assecs sur le bassin 3.2 et l'évaluation de leurs impacts sur les communautés végétales présentes tant phytoplancton que macro-algues. Le suivi a porté sur la physico-chimie des eaux des bassins et à la dynamique du développement des macro-algues et du phytoplancton, au sein de 3 types de bassins et d'un pré-bassin au cours de 10 campagnes de mesures effectuées entre fin mai et fin septembre. Dans l'ensemble, les évolutions observées des paramètres de physico-chimie sont similaires dans le pré-bassin 6 et les bassins 3.2, 5.1 et 6.2. Néanmoins les valeurs sont plus faibles sur le pré-bassin que sur les bassins. Les eaux des bassins sont basiques, bien minéralisées et fortement oxygénées par les algues présentes. Les teneurs en chlorophylle-a restent relativement faibles, inférieures en moyenne à 9 µg/l, bien qu'en légère augmentation par rapport à 2007 et 2008. Le bassin 6.2 s'avère le plus productif alors que le pré-bassin est celui qui produit le moins. Les cortèges phytoplanctoniques rencontrées sont dans l'ensemble très peu abondants mais bien diversifiés avec au maximum 35 taxons présents. Les répartitions au sein des groupes algaux sont très variables pour chacune des campagnes et chacun des bassins : aucune tendance ne se dessine au cours du temps. Ces communautés sont dominées par des diatomées tout au long de la période d'étude et par quelques Cryptophycées et algues vertes. Les cyanobactéries sont très peu présentes, seulement de façon significative mi-juillet sur le bassin 5.1. Les algues macroscopiques ont présenté de nombreux développements sur les 3 bassins suivis, conséquences probables des plus grandes durées de mise en eau des bassins. Les genres rencontrés sont principalement Phormidium et Lyngbya pour les cyanobactéries et Cladophora, Mougeotia, Hydrodictyon et Zygnema pour les algues vertes. Les pourcentages de recouvrements varient de 10 à 100 % du fond ou de la surface des bassins. Les impacts des mises en assec ne sont pas discernables sur le phytoplancton ou la chimie de l'eau par contre ils s'observent sur les macro-algues par une légère diminution des recouvrements algaux. Des assecs courts mais réguliers, associés au hersage du fond, pourraient augmenter encore ces impacts en réduisant de manière significative les biomasses produites. Une attention particulière devrait être apportée aux cyanobactéries potentielles productrices de cyanotoxines dangereuses pour la santé.