Les procédés biologiques sont largement utilisés pour le traitement des déchets liquides et solides contenant une fraction importante de matières biodégradables. Pour les optimiser, ils sont souvent étudiés à partir des outils de modélisation, dont l'utilisation implique de compartimenter la matière organique en plusieurs fractions plus ou moins rapidement dégradables par les bactéries. Ce fractionnement nécessite l'utilisation de méthodes expérimentales spécifiques, encore aujourd'hui mal décrites et dont les différences ne sont pas toujours bien identifiées. L'application systématique d'un protocole de fractionnement de la matière organique en classes de biodégradabilité est pourtant indispensable pour simuler les processus et optimiser les bioprocédés. Cet article présente les concepts et méthodologies de fractionnement de lamatière organique existants et propose un retour d'expérience ainsi que des éléments de choix des méthodes pour l'utilisation par l'ingénieur.