Dans le cadre de la mise en oeuvre de la Directive Cadre Européenne sur l'eau exigeant un bon état écologique des cours d'eau pour 2015, des recherches sont menées sur des systèmes d'évaluation de la qualité biologique des rivières à partir des macroinvertébrés benthiques. Le Cemagref et l'Université de Metz en étroite relation avec les directions régionales de l'environnement travaillent sur le développement d'un protocole national de prélèvement des macroinvertébrés portant sur le pourcentage de recouvrement des différents substrats présents sur le fond des coursd'eau. Depuis 2009, un projet d'estimation de la variabilité inter-opérateur liée à l'application du protocole de prélèvement des macroinvertébrés a été mis en place pour une durée de 2 ans et ce sur 22 stations réparties au hasard sur tout le territoire national. Pour cela, 4 opérateurs différents ont réalisé individuellement une description de la mosaïque d'habitats et un plan d'échantillonnage pour chacune des stations retenues. Un des objectifs de ce travail est d'évaluer comment chaque opérateur appréhende le milieu afin de déterminer 1) quelles sont les sources de variabilités potentielles et 2) définir des règles plus précises pour une application plus homogène. Les premiers résultats ont montré l'existence de divergences entre opérateurs, notamment lors de la phase de description de la mosaïque d'habitats. Les problèmes rencontrés proviennent d'une part de la définition des substrats et d'autre part de l'estimation du pourcentage de recouvrement des habitats. Les différents types de substrats (organique ou minéral) potentiellement rencontrés sur une station sont décrits dans la norme XP T 90-333. Après analyse précise des descriptions de mosaïques d'habitats, il apparaît que certains substrats sont source de confusion pour les opérateurs ; nous les appellerons des « substrats critiques ». Ainsi, les substrats minéraux par exemple, et particulièrement ceux de grande taille, constituent les substrats pour lesquels les opérateurs commettent le plus d'erreurs dans la description. Nous proposons dans ce poster d'apporter des précisions sur la définition des « substrats critiques » afin de réduire cette variabilité, mais aussi de donner quelques règles pour l'estimation des pourcentages de recouvrement dans le but d'harmoniser l'application de ce protocole. Ces divergences d'estimation ou de définition peuvent en effet avoir une influence non négligeable sur la constitution des listes faunistiques et donc sur les résultats de l'évaluation de la qualité biologique du cours d'eau.