Les macrophytes aquatiques font partie des éléments de qualité biologique sélectionnés pour l'évaluation de l'état écologique de 260 lacs et étangs français dans le cadre de la DCE. Depuis plusieurs décennies, la végétation aquatique des plans d'eau en métropole a été principalement étudiée pour caractériser les structures des communautés et contribuer à améliorer la gestion de diverses plantes exotiques à caractère envahissant. Au cours de ces études et recherches, plusieurs protocoles d'échantillonnage différents ont été utilisés, rendant inexploitables les données obtenues pour un objectif de développement d'un indice national de bioindication. Dans le contexte de mise en application de la DCE, l'équipe phytoécologie du Cemagref a développé une méthode standardisée d'échantillonnage des communautés de macrophytes en plans d'eau. Ce protocole « DCE-compatible » a fait l'objet d'un test préliminaire sur 8 plans d'eau de types morphologiques différents, répartis dans plusieurs zones géographiques du territoire métropolitain. A ce jour, ce protocole, établissant un cadre commun d'échantillonnage pour les opérateurs de terrain, a été mis en ½uvre sur plus de 50 plans d'eau et a fourni des données standardisées indispensables au développement d'un outil de bioindication adapté au large contexte physique, trophique et biologique des plans d'eau de métropole. Après une analyse critique du protocole, comparé aux précédentes méthodes d'échantillonnage utilisées, une présentation des premiers résultats de son application sur plusieurs plans d'eau français sera faite.