La Directive Cadre Européenne sur l'eau (DCE) a pour objet de prévenir toute dégradation supplémentaire, de préserver et améliorer l'état des écosystèmes aquatiques. Pour cela, elle impose aux États membres le développement d'outils permettant de caractériser la qualité écologique des différentes masses d'eau. Le développement d'un indicateur basé sur le compartiment ichthyologique des masses d'eau de transition est mené depuis 2005 par le Cemagref. Des campagnes d'inventaire basées sur un protocole d'échantillonnage standardisé (Lepage and Girardin, 2005; Lepage and Girardin, 2006) ; ont été réalisées en 2005, 2006 et 2007. Les informations ainsi obtenues ont permis l'élaboration d'un indicateur poisson pour les masses d'eau de transition dans le cadre d'un projet Liteau II (Girardin et al, 2009, Delpech et al., 2010). Le contrôle de surveillance des MET, pour le compartiment « poisson » prévoit, sur la période 2009/2011, l'échantillonnage biannuel (campagne printanière puis automnale) de 23 estuaires sur les 4 districts hydrogéographiques et de 6 lagunes et un estuaire deltaïque, sur la façade méditerranéenne. En 2009, sur les 23 masses d'eau de transition proposées par le Cemagref aux 4 agences de l'eau de la façade Manche Atlantique (Lepage, Girardin and Bouju, 2008a), les contrôles de surveillance ont débuté sur 16 estuaires répartis sur 3 districts hydrogéographiques. 16 prestataires ont été retenus par les Agences de l'eau pour les effectuer. L'Agence de l'eau Seine Normandie n'a pu lancé un appel d'offre dans des délais adéquates, les 7 estuaires seront échantillonnés sur la période 2010/2012. L'Agence de l'Eau RMC a reçu une version du protocole adapté aux lagunes méditerranéennes et au Rhône (Lepage, Girardin and Bouju, 2008b). Cependant, elle n'a pas prévu financer un échantillonnage en 2009. Une nouvelle campagne de pêche est prévu en 2010. La mission de coordination assurée par Vincent Bouju depuis juillet 2008 doit garantir le bon déroulement de ces campagnes 2009 et la qualité des données issues de ces suivis. Des actions concrètes de supervision des campagnes terrain ont été menées auprès des Agences de l'eau: - réunion technique de mise en place des campagnes avec les opérateurs ; - compte-rendu des campagnes de terrain ; - mise à disposition des données validées. Une assistance technique a également été apportée aux opérateurs : - soutient technique, - visite des équipes pour facilité localement la mise en place du mode opératoire ; - récupération des données, respect des délais. Parallèlement des travaux sur la standardisation du protocole, la rédaction d'un texte normatif dans le cadre du réseau AQUAREF, et de développement de nouveaux outils de collecte et de vérification des données ont été effectués. Ces actions menées parallèlement pour limiter la variabilité liée à l'échantillonnage et le développement d'outils de vérifications plus puissants ont permis d'obtenir des données fiables et pertinentes des campagnes printanières et automnales sur 16 estuaires de la façade Manche Atlantique.