La microfaune des stations d'épuration par boues activées est étudiée depuis quelques décennies. La diversité et la densité de celle-ci est souvent utilisées pour le contrôle de la performance dans les procédés de traitement classique. Depuis cette dernière décennie, un nouveau procédé d'épuration à membranes immergées dans les boues activées appelé bioréacteur à membranes (BRM) est en expansion. En raison de la configuration du système des BRMs, de nouveaux paramètres sont étudiés (AlphaC...). Un BRM a été suivi pendant une période de 18 mois ; une base de données a été construite à partir des données collectées lors de ce suivi. Les méthodes statistiques adaptées aux données multidimensionnelles telles que l'ACP et l'ACM ont été appliquées à ces données. Ces analyses ont permis de comprendre d'avantage les relations entre paramètres de fonctionnement, la microfaune. Les taxons identifiés dont les bio-indications étaient peu connues ont pu être améliorés tel que MICSPX (Microthorax sp.). Il a été démontré que la microfaune des bioréacteurs reste un indicateur de qualité des boues de ce BRM. Cette étude a également montré que l'application de l'indice SBI (Sludge Biotic Index, Madoni, 1994) utilisé dans les procédés classiques pour le contrôle de la performance reste limité dans ce BRM et que le SBI pourrait être un indicateur du pouvoir colmatant des boues.