Pour décrire l'état écologique des plans d'eau, la DCE (Directive Cadre sur l'Eau) impose la connaissance de leur état hydro-morphologique et notamment la description de la nature des substrats. Plusieurs outils acoustiques ont été développés depuis les années 1980 permettant de faire de la classification de la nature des fonds subaquatiques tel que les sidescan sonars, les sondeurs multi faisceaux et les échosondeurs mono faisceau. Ces techniques acoustiques permettent de mieux prendre en compte la dimension spatiale que les méthodes traditionnelles (caméra, bennes à sédiments,). En milieu lacustre, l'utilisation d'un échosondeur parait plus adapté (du point de vue des surfaces à échantillonner) et moins coûteux que les autres technologies. Sonar5-pro, logiciel d'analyse des signaux issus d'échosondeurs et spécialisé dans le calcul de biomasse de poissons, vient d'implémenter un module mettant à disposition les données qui permettent d'appliquer une méthode classique de détermination de la nature des fonds à partir de signaux acoustiques. Nous avons testé la faisabilité de la classification de la nature des fonds lacustres en utilisant ce module. Une première phase de détermination des paramètres d'acquisitions optimaux de l'onde émise par l'échosondeur a été réalisée. La base de données de référence nécessaire à la classification a ensuite été construite par vérification in situ de la nature des substrats. Le système a été utilisé dans le Léman pour établir une cartographie de la nature des substrats d'une omblière, zone de fraie de l'omble chevalier (Salvelinus alpinus). Les observations sur l'évolution temporelle des substrats de cette zone pourraient être mises en regard de la dynamique de l'espèce et de la nécessité de restaurer de telles zone