Ce document vise à proposer un cadre pour l'échantillonnage et la conservation des communautés phytoplanctoniques en grands cours d'eau et canaux dans le cadre de la mise en ½uvre de la Directive Cadre sur l'Eau (DCE). Il propose aussi un cadre d'acquisition des éléments physico-chimiques qu'il serait nécessaire d'y associer. Le domaine d'application proposé pour ce protocole s'étend à l'ensemble des grands cours d'eau français ainsi que les canaux pour lesquels l'étude du phytoplancton est pertinente. Une uniformisation de la collecte des données est indispensable afin d'assurer la bancarisation et le traitement des informations sur le phytoplancton dans le cadre de la mise en ½uvre de la DCE sur les cours d'eau et la mise en place des Réseaux de Surveillance (RCS, RCO) et de Référence (RR). L'objectif premier est d'obtenir une base de données cohérente à l'échelon national contenant des données comparables pour ensuite être en mesure de développer un indice planctonique comparable à l'IPLAC (Indice Planctonique LACustre) sur les cours d'eau français. Ce travail est le fruit de la collaboration entre l'unité de Recherche Réseaux, Epuration et Qualité des Eaux du Cemagref de Bordeaux et la DREAL Lorraine.