L'étude diatomique menée en 2009-2010 par le Cemagref sur les cours d'eau de Guyane Française, dans le cadre du programme QUES coordonné par l'IRD et avec le concours opérationnel de terrain d'Hydreco Guyane, s'inscrivait dans la continuité des investigations floristiques et hydro-écologiques menées au cours des années 2000, 2007 et 2008 sur ce territoire marqué par une spécificité biogéographique évidente. Le premier objectif était de préciser l'identité des taxons diatomiques couramment rencontrés dans ce contexte, pour pouvoir envisager à terme l'utilisation de ce maillon biologique pour la bio-indication de l'état écologique des masses d'eau Guyanaises. Sur la base d'une bibliographie mondiale et du matériel biologique 2009, une avancée très conséquente a été réalisée à ce niveau avec la détermination de 527 taxons dont seulement 21, bien caractérisés et codés, n'ont pas encore pu être nommés avec un minimum d'assurance. Ceci porte à environ 800 le nombre de taxons différents caractérisés sur le matériel biologique collecté depuis 2000 en Guyane Française, chiffre comparable à ce que Wetzel et al ont trouvé dans le cadre d'une étude sur le territoire amazonien Brésilien). Le 2ème objectif, objet principal de cette communication, était de progresser sur la connaissance hydroécologique des taxons (différentes flores de référence, réponse des flores aux gradients anthropiques) en vue de la mise au point d'un indice diatomique spécifiquement adapté à la zone Guyane. Les analyses de données sous-tendant cette étape se sont confrontées à deux difficultés : 1) représentativité des analyses chimiques, entachées de différents artéfacts liés aux conditions logistiques particulières de ce terrain et à l'absence d'un laboratoire de chimie des eaux sur place ; 2) dissymétrie importante de la matrice de données entre données floristiques (527 taxons différents) et nombre d'analyses chimiques disponibles (45 sites X 1 date), assise insuffisante pour la genèse d'un indice local. De ce fait, les analyses ont été réalisées au genre. Elles ont conduit à une biotypologie des assemblages naturels conforme à la zonation HER pré-existante (cortèges naturels tranchés entre zone amazonienne et criques acides du nord, arrivée de taxons halophiles en zone de transition). Après positionnement-expert de profils taxonomiques dans 2 indices adaptables (IPS, IDG), les évaluations de qualité portées avec 3 indices pré-existants ont donné des résultats plus convaincants pour l'évaluation des altérations (agricoles, d'orpaillage, péri-urbaines) avec l'IPS, suivi de l'IDG adapté Guyane, l'IBD étant biogéographiquement inadapté. La création d'un indice diatomique spécifique Guyane reste l'objectif. Cela nécessite la mise en place d'une action de moyen terme (3 à 4 ans) qui permettrait la collecte d'une assise suffisante de données associant analyses physico-chimiques et relevés biologiques.