Dans le cadre de la mise en place de la Directive Cadre Européenne sur l'Eau (DCE) dans les Départements et Territoires d'Outre Mer, des investigations biologiques ont été menées dans les cours d'eau de Mayotte. Mayotte est à ce jour une collectivité d'outre mer française située dans l'archipel des Comores, au Nord-Ouest de Madagascar mais deviendra, en 2011, un Département d'Outre Mer. Dans ce cadre, le BRGM a souhaité, acquérir des données biologiques pour la constitution de listes de taxons (diatomées, macroinvertébrés, ichtyofaune) qui permettront de définir le futur Réseau de Contrôle de Surveillance (RCS) de Mayotte. Dans ce but, des prélèvements et inventaires de ces descripteurs biologiques dans plusieurs cours d'eau mahorais ont été réalisés. Cette étude a été menée en collaboration avec l'ARDA et ETHYCO qui ont respectivement étudié l'ichtyofaune et les macroinvertébrés. ASCONIT a eu en charge l'étude des diatomées benthiques. Deux campagnes de prélèvements ont été réalisées au niveau de 19 stations réparties dans les 4 hydro-écorégions de l'île ; la première a eu lieu en octobre 2008 et la seconde en avril 2009. 168 taxons ont été recensés et se répartissent dans les principales familles rencontrées en métropole (Monoraphidées, Naviculacées et Nitzschiacées) avec toutefois une représentation non négligeable d'Epithémiacées. Les stations les plus impactées situées en aval hébergent des formes souvent cosmopolites typiques de nos milieux pollués. En revanche, les secteurs exempts de pollution présentent une microflore plus originale avec des taxons tropicaux comme Rhopalodia hirundiniformis, Nitzschia tropica, Navicula quasidisjuncta. La répartition de l'abondance relative de ces espèces de diatomées est étudiée en fonction des hydroécorégions de l'île et de la saison et une application des méthodes indicielles européennes a été tentée. Sont présentés en microscopie optique et électronique, pour quelques uns d'entre eux, des taxons appartenant aux genres Cocconeis, Gomphonema, Navicula, Nitzschia, Seminavis et Rhopalodia. Des observations complémentaires sont en cours pour l'identification des espèces non identifiées.