Depuis le début des années 70, les lacs du littoral aquitain ont fait l’objet de suivis discontinus dans le temps de leur qualité des eaux et de leurs communautés phytoplanctoniques, permettant de définir leur état trophique selon les critères habituellement utilisés. En utilisant les données taxonomiques récentes obtenues dans un travail de thèse et les données acquises depuis 2010 lors de campagnes mensuelles mises en place sur les lacs de Cazaux-Sanguinet et Parentis-Biscarrosse, nous proposons une analyse de ces communautés portant sur leur composition taxinomique. Ces deux lacs sont en communication et présentent des niveaux trophiques notablement différents : les eaux du premier lac, régulièrement considéré comme oligotrophe, s’écoulent vers le second lac généralement considéré, lui, comme eutrophe. Les analyses réalisées montrent en particulier une relative stabilité de la composition des peuplements du lac de Cazaux-Sanguinet avec des présences importantes de cryptophycées, de diatomées, de chrysophycées et de dinophycées. Il n’en est pas tout à fait de même pour les peuplements du lac de Parentis-Biscarrosse montrant de grandes variations de présences relatives des différents groupes algaux en fonction des campagnes. Une analyse canonique des correspondances confirme ces observations, discriminant nettement les résultats obtenus sur les deux lacs, et permet d'identifier des "schémas de composition taxinomique saisonniers types" spécifiques à chaque lac, avec une instabilité relative plus importante pour le lac de Parentis-Biscarrosse.