L’application d’un protocole standard d’échantillonnage de l’ichtyofaune en plans d’eau a permis la constitution de bases de données nationales et européennes homogènes. Ces bases de données ont été utilisées pour sélectionner des métriques à même de rendre compte d’une altération de la qualité des milieux. Le travail de sélection de métriques a été conduit en parallèle sur les lacs naturels situés hors du secteur alpin, les lacs naturel des alpes et les retenues françaises. La méthode choisie est dite « site spécifique » et les conditions de référence ont été approchées par modélisation. Un indice constitué de 3 métriques (2 métriques d’abondance et une métrique de composition) a été proposé pour rendre compte de l’eutrophisation des plans d’eau hors secteur alpin. Deux métriques rentrent dans la composition de l’indice ichtyofaune permettant d’évaluer l’état des plans d’eau des Alpes. Pour les retenues, le travail de sélection des métriques n’est pas achevé. Les limites de ces méthodes qui n’ont pas fait l’objet d’une intercalibration, sont présentées.