La Directive 2000/60/CE (DCE) établit le cadre de la politique communautaire dans le domaine de l'eau et définit les objectifs environnementaux à atteindre pour l'ensemble des eaux. Les Antilles françaises, sont concernées au même titre que la métropole par cette directive. Cependant le contexte biogéographique totalement différent et la méconnaissance de la flore diatomique ont rendu indispensable la conception d’un indice diatomique spécifique. ASCONIT Consultants et l’Irstea se sont associés pour créer ce nouvel outil de bioindication de la qualité de l’eau aux Antilles dans le cadre d’un programme de recherche financé par l’ONEMA, les offices de l’eau et les DEAL de chaque îles. Ce programme de recherche s’articule autour de 2 axes : une phase préalable d’acquisition des données floristiques et une phase d’analyses statistiques des données qui a abouti au calcul de l’indice. Cette étude a permis de réaliser un gros effort d’échantillonnage par rapport aux précédents travaux réalisés en Guadeloupe. Le nombre de taxons inventoriés a, de ce fait, fortement augmenté pour chacune des 2 îles. L’analyse de ces inventaires a permis de mettre en évidence les caractéristiques essentielles des peuplements diatomiques antillais (nombre de taxons, de genres, inventaires spécifiques, répartition des taxons selon leur abondance relative au sein des inventaires ou selon leur occurrence). Les premières étapes des analyses statistiques des données ont permis d’aborder la structuration des communautés de diatomées (biotypologie des assemblages diatomiques) et, dans un deuxième temps, de confronter ces biotypes aux paramètres abiotiques auxquels ils sont associés. Chaque biotype diatomique peut alors être caractérisé par quelques espèces emblématiques et par les conditions environnementales qui y ont été mesurées. La projection de ces biotypes sur les cartes des stations étudiées permet de visualiser leur réalité géographique et/ou temporelle. La poursuite des analyses statistiques permettra, à terme de déterminer le profil écologique de chaque espèce et de calculer un indice diatomique spécifique et adapté au contexte insulaire tropical des Antilles Française.