L’examen 2012 du lac du Bourget a confirmé le bon état écologique de l’écosystème pélagique et la continuité de sa progression vers un état oligotrophe. En dépit d’une augmentation marquée au cours des 4 dernières années et en particulier en 2012 des apports en Phosphore particulaire par les principaux tributaires (la Leysse et le Sierroz participant à la même hauteur avec 18-19 tonnes de Ptot transité au lac), les concentrations en Ptot et PO4 dans la colonne d’eau au milieu du lac ont continué de chuter, atteignant des niveaux « record » avec 14 et 10 μg/L, respectivement. Cette baisse de concentration en nutriments ne s’est toutefois pas accompagnée d’une baisse de la biomasse phytoplanctonique qui au contraire a augmenté significativement en 2012 (d’un peu plus de 20%). A l’exception du développement de l’espèce Scenedesmus (plutôt caractéristique des milieux riches en nutriments) en début de printemps, la composition phytoplanctonique a été dominée par des diatomées, des chrysophycées et des cryptophycées avec des espèces (notamment mixotrophes) plutôt caractéristiques de milieux oligotrophes. Pour la première fois aucune cyanobactérie filamenteuse (et susceptible d’être toxique) n’a été détectée en 2012 (en 2009 Planktothrix et Microcystis étaient présentes, en 2011 Aphanizomenom avait été détectée). Au cours des 4 dernières années, de manière concommitante à la disparition de P. rubescens, la proportion des formes nanophytoplanctoniques a augmenté de manière quasi exponentielle atteignant en 2012 la valeur de 43% (proportion comparable à ce qui est enregistré au lac d’Annecy). La proportion des formes picophytoplanctoniques (dominées par les picocyanobactéries du genre Synechococcus) est également en augmentation corroborant la réoligotrophisation marquée de l’écosystème. La biomasse du peuplement zooplanctonique a été très élevée en 2012 avec une très forte dominance des Daphnies, responsable d’une importante phase des eaux claires entre fin mai et début juin. Un événement remarquable a toutefois été constaté, l’absence du second pic de production observée généralement en fin d’été, probablement lié aux mauvaises conditions météorologiques enregistrées à cette période. Au cours des dernières années, il a été constaté que le groupe des calanides a régréssé alors qu’il est plutôt caractéristique de milieux en bonne santé. Si ce phénomène n’est pas encore complètement expliqué, il n’en reste pas moins que la dynamique zooplanctonique reste typique d’un milieu oligomésotrophe. De plus, le rapport entre les abondances zooplanctoniques et biomasses phytoplanctoniques suggère que le lac du Bourget est caractérisé par une bonne efficience trophique et ce surtout depuis la disparition, fin 2009, de P. rubescens. En lien avec (i) la restauration de l’écosystème, (ii) un changement dans la pratique de pêche (i.e. la modification de la maille des filets) et (iii) de manière concommitante à la disparition de P. rubescens, le peuplement de poissons du lac du Bourget est dans un état très satisfaisant avec la confirmation d’un stock élevé de corégones (lavarets) qui atteint en 2012 un rendement record. L’amélioration significative de l’état trophique du lac du Bourget observé depuis les 3 dernières années est donc renforcée à présent par la réponse du compartiment biologique supérieur, avec le retour emblématique du lavaret. L’ensemble des paramètres limnologiques classiques mesuré au cours de l’année 2012 (transparence, chlorophylle a, Phosphore total) mais également bon nombre d’autres descripteurs (composition et taille phytoplanctoniques, biomasse et dynamique zooplanctoniques, peuplement piscicole) permettent de confirmer que l’état et le fonctionnement pélagique du lac du Bourget est bon à très bon (ce qui est aussi corroboré par l’excellente qualité sanitaire) et qu’il peut-être classé comme étant oligo-mésotrophe. Toutefois, l’analyse du peuplement des macroinvertébrés du lac a révélé que ce dernier se caractérise encore par une quantité de matière organique trop importante, qui s’accumule dans les substrats fins de la zone littorale du lac. Cette dernière se traduit par des activités de consommation et de dégradation importantes conduisant à des conditions hypoxiques. Au fond du lac, les faibles abondances et diversité de ce peuplement benthique témoignent également d’un dysfonctionnement caractérisé par une accumulation de matière organique non transférée au sein des réseaux trophiques du lac du Bourget et dont l’hypolimnion présente encore des hypoxies voire des anoxies.