Le présent rapport fait la synthèse des principaux travaux et résultats acquis dans le cadre de la phase 5 du PIREN-Seine sous le thème "paysage aquatique et populations piscicoles". Ces travaux se sont articulés autour de deux grands types d'approches complémentaires. Une approche menée à l'échelle du bassin de la Seine dans sa globalité, qui consiste à identifier et quantifier les principaux facteurs qui contrôlent la répartition des espèces et la structure des peuplements de poissons. Une seconde, plus détaillée, concerne des petits bassins versants et vise à comprendre de manière plus fonctionnelle dans quelle mesure les activités et l'occupation des sols sur le bassin versant conditionnent l'arrangement spatial des habitats dans le cours d'eau, la répartition fine des espèces mais aussi l'organisation trophique des systèmes.