Les systèmes aquatiques sont fortement impactés par les activités anthropiques et par les diverses pollutions qui en découlent. Parmi ces pollutions, les contaminations aux métaux lourds sont particulièrement préoccupantes du fait des effets toxiques avérés qu’elles entraînent. Le développement d’outils adaptés à l’évaluation de la qualité des eaux est dans ce contexte un enjeu fondamental. Les diatomées benthiques d’eau douce sont considérées comme un maillon bio-indicateur intéressant, qui les ont fait retenir comme élément biologique-clé par la DCE et ont conduit à leur utilisation dans divers indices de qualité des eaux comme l’Indice Biologique Diatomées (IBD) appliqué au niveau européen. Cependant, ces indices ont montré leurs limites dans l’évaluation de la qualité des eaux face à des pollutions de type métallique. C’est pourquoi de nouvelles approches sont amenées à voir le jour dans l’évaluation de la qualité des eaux. Dans notre étude, l’impact du Cd au niveau génétique est évalué par PCR-q sur 9 gènes d’intérêt suite à une exposition en conditions contrôlées de laboratoire de l’espèce eolimna minima, la cinétique de croissance de la population et la bio-accumulation sont suivies. La cinétique de population montre un fort impact du Cd à la concentration de 100µg Cd/L avec une inhibition totale de croissance pour ce niveau de contamination. Ces résultats sont à mettre en relation avec les facteurs élevés de bioaccumulation calculés, qui sont de 57 ±6,3 µg Cd/g ps et de 734 ±70 µg Cd/g ps au bout de 14 jours pour l’exposition respectivement à 10 et 100 µg Cd/L. Des réponses génétiques révèlent l’impact du Cd sur le métabolisme mitochondrial et sur le photosystème d’Eolimna minima exposée à 10 et 100 µg/L avec des surexpressions de cox, 12S, d1 et psaA au bout de 7 jours d’exposition pour la concentration à 100 µg/L et de nad5, d1 et psaA au bout de 14 jours pour les 2 conditions. Notre étude est une première approche dans l’utilisation de la PCR-q sur diatomées benthiques d’eau douce. Les résultats obtenus laissent envisager des perspectives extrêmement intéressantes dans le cadre de développement de nouveaux outils de diagnostic de la qualité des eaux.