La DCE a force d’application dans tous les états-membres de l’Union Européenne. Dans le cas de la France, cette Directive doit être mise en oeuvre sur le territoire métropolitain, mais aussi dès que possible dans les DOM. Concernant l’évaluation des milieux littoraux, mis à part le phytoplancton, tous les indicateurs biologiques actuellement utilisés pour la surveillance ne se retrouvent pas dans tous les types de milieux à évaluer, générant une difficulté d’application et d’interprétation. D’autre part, le phytoplancton est mobile et véhiculé par la colonne d’eau au gré de la forte courantologie côtière, il n’est donc pas assuré que la qualité qu’il bio-indique soit en bonne correspondance avec la localisation de sa zone d’échantillonnage. C’est dans ce cadre que l’Office de l’Eau de Martinique a confié à un consortium constitué d’Asconit et de plusieurs partenaires la réalisation d’une étude exploratoire visant à tester une méthodologie et les apports potentiels susceptibles d’être procurés par l’utilisation des diatomées phytobenthiques, maillon sédentaire fixé aux substrats, dans le diagnostic de qualité des milieux littoraux. Une thèsarde de l’UPS Toulouse (Catherine Desrosiers) a été accueillie dans le cadre de ce programme, qui s’est appuyée sur l’utilisation de substrats artificiels pour échantillonner ces milieux. A l’issue des 3 ans d’étude, l’avancée de la connaissance n’est pas encore suffisante pour proposer un prototype d’indice diatomique littoral. Cela tient pour partie à des problèmes rencontrés dans le domaine de l’échantillonnage abiotique et de l’analyse chimique (représentativité temporelle défectueuse d’échantillons ponctuels, quelques problèmes de conservation, quelques problèmes d’hétérogénéité méthodologique entre laboratoires étant intervenus dans l’acquisition des référentiels). Ces problèmes ont été identifiés et feront l’objet de correctifs pour l’avenir. Cela tient aussi au manque de recul-données qui subsiste encore à l’issue de ce programme. 820 taxons différents ont été reconnus, dont 57 % encore non décrits, beaucoup d’entre eux ont eu une faible occurrence et/ou abondance relative dans les relevés. Il faudrait au moins doubler les référentiels actuellement disponibles (environ 250 pour moins de 110 à l’heure actuelle) pour constituer des profils de qualité suffisamment robustes aux espèces qui rentreraient dans l’élaboration et le calcul d’indice. Cependant, l’analyse de données a clairement établi que les assemblages de diatomées littorales répondaient bien aux différentes conditions environnementales, et que l’apparition de certains taxons était indiscutablement liée à une pression anthropique sur le milieu littoral, montrant l’aspect porteur de la démarche. A condition que l’acquisition de données standardisées se poursuive, il est donc tout-à-fait envisageable de viser la mise au point d’un indice diatomique littoral sous 2 à 3 ans.