Cette étude présente les résultats de la mise en ½uvre d’outils intégratifs d’évaluation in situ de la contamination de l’eau en pesticides et de ses effets biologiques au sein de rivières sur trois bassins versants agricoles aux contextes agro-pédo-climatiques différenciés. L’objectif majeur poursuivi est de mieux cerner les intérêts et les limites de ces outils pour évaluer l’impact des pratiques phytosanitaires sur les cours d’eau, mais également de mettre en avant l’intérêt d’une approche combinée (complémentarité des réponses). Une forte composante méthodologique a été développée afin de cerner au mieux les conditions et contraintes de mise en ½uvre de chaque outil pour répondre au mieux aux questions posées. Dans le cadre de cette étude, les outils ont plus particulièrement été testés sous l’angle de leur capacité à améliorer les diagnostics d’impact sur le terrain de la contamination des eaux de surface par les pesticides et à rendre compte d’évolutions de cette contamination. Les échantillonneurs passifs, en fournissant une concentration intégrée sur la durée de leur immersion, livrent une information plus représentative de la qualité moyenne du milieu vis-à-vis des substances phytosanitaires que l’échantillonnage ponctuel et améliorent donc l’interprétation des résultats en termes d’évolution spatiale ou temporelle de la contamination, en lien avec l’évolution des pratiques agricoles. Les outils biologiques (gammares encagés, étude des communautés microbiennes autochtones) renseignent plus largement sur les effets toxiques des substances en présence sur les organismes aquatiques. Les suivis réalisés ont prouvé l’aptitude de ces outils chimiques et biologiques à discriminer des typologies de pression différentes (contextes polyculture/viticulture), à rendre compte de la variabilité spatiale (gradient amont/aval, hiérarchisation de sous-bassins versants) et temporelle (effet des crues) de la contamination par les pesticides. De plus, les outils biologiques déployés ont permis de conforter ou de nuancer le suivi chimique apportant ainsi des éléments de diagnostic importants quant à l’estimation d’impacts globaux ou plus spécifiques aux pesticides sur la qualité biologique des milieux aquatiques. L’intérêt d’envisager leur utilisation pour améliorer les diagnostics de la contamination et évaluer l’efficacité de plans d’action est mis en avant. Cette synthèse sera complétée d’un fascicule rassemblant les éléments clés identifiés pour faciliter l’utilisation de ces outils et l’interprétation de leurs résultats pour une gamme de questions opérationnelles.