Visant à restaurer la continuité écologique à l'échelle nationale, les trames vertes et bleues sont une mesure phare du grenelle de l'environnement et une composante essentielle de la politique environnementale française. Cette notion de trame verte et bleue est le résultat d'études basées sur des macro-organismes (visibles à l'oeil nu) qui ont démontré la sensibilité des populations de plantes ou d'animaux isolées dans un contexte de régression des habitats naturels. Certaines théories de biogéographie considèrent que, du fait de fortes capacités de dispersion et de gigantesques tailles de populations, les espèces de micro-organismes sont présentes sans restriction dans tous les environnements permettant leur développement. Or nos études à l'échelle de la France sur les communautés de diatomées benthiques montrent que celles-ci présentent une forte structure spatiale, liée aux dynamiques de dispersion et de colonisation des différentes espèces (Thèse de Marius Bottin, 2012). Les biofilms diatomiques sont donc affectés eux-aussi par ces notions de continuité écologique et de dynamiques de colonisation. En plus de la connaissance nécessaire pour comprendre l'impact de la restauration d'une continuité écologique sur le maintien de la biodiversité dans les biofilms, les diatomées apparaissent aussi comme un modèle biologique intéressant pour l'étude de ces phénomènes. En effet, ces organismes présentent de très rapides cycles de vie permettant l'élaboration de tests expérimentaux à l'échelle de plusieurs générations, et de très larges bases de données existent, utilisables pour la description de l'effet de la connectivité dans les milieux naturels. Des études à Irstea ont déjà eu lieu qui pourrait permettre d'alimenter les réflexions sur la trame bleue. Une de ces études a montré que la dynamique de récupération structurelle et fonctionnelle (potentiel photosynthétique) de communautés après une contamination toxique était facilitée par la migration d'espèces (Lambert et al, 2012 ; Morin et al, 2012). Une autre étude a montré que les dynamiques de colonisation à l'échelle de la France semblaient se structurer grâce à des communautés sources, alimentant et influençant fortement les communautés environnantes (Thèse de Marius Bottin, 2012). Nous discuterons de l'implication de ces résultats dans le cadre de la trame verte et bleue, ainsi que des éventuelles études complémentaires à conduire sur les biofilms diatomiques.