L’oxygène est un élément indispensable à la vie, qu’elle soit terrestre ou aquatique. Dans l’eau il se trouve sous forme dissoute et la solubilité maximale de l’oxygène (saturation) dans l’eau dépend deux facteurs : la température et la salinité. Typiquement une eau chaude à saturation contient moins d’oxygène qu’une eau qui serait plus froide (Carpenter, 1966). De même pour la salinité, plus l’eau est saline moins il y a d’oxygène à saturation. Plusieurs phénomènes bio-géo-chimiques, d’origine naturelle ou anthropique, font varier les taux d’oxygénation en dessous et au dessus du seuil de saturation (Eldridge and Roelke, 2010), certains ont tendance à augmenter les quantités d’oxygène, ceci est le cas pour la photosynthèse. Au contraire certains phénomènes font varier l’oxygène en dessous du taux de saturation, c’est le cas pour la respiration, la dégradation organique et la dénitrification de rejets urbains par exemple (Nishio et al., 1982; Bianchi et al., 1994; Abril et al., 2010). Ces processus provoquent des baisses d’oxygénation des eaux, entrainant ainsi, dans les cas les plus sévères, une carence en oxygène dans l’eau, aussi appelée hypoxie. Ces hypoxies ont un impact sur la biocénose, visible par des diminutions d’abondance et de biomasse des organismes observés dans les zones hypoxiques (Diaz and Rosenberg, 1995; Gray et al., 2002; Wu, 2002). Lorsque l’hypoxie est sévère, prolongée ou récurrente certaines espèces peuvent disparaitre de la zone hypoxique, entrainant ainsi une chute de biodiversité dans les systèmes touchés (Breitburg, 2002). L’impact de l’hypoxie dépend de la durée, de l’étendue et de la sévérité des évènements hypoxiques (concentration en oxygène) (Gray et al., 2002; Wu, 2002; Levin et al., 2009). Tous les compartiments biologiques sont touchés par les évènements hypoxiques (Vaquer-Sunyer and Duarte, 2008), mais des réponses différentes sont observées entre taxons, groupes fonctionnels, entre espèces d’un même taxon ou même entre différents stades de développement d’une même espèce. Ce rapport s’articule en deux parties ; une première sous forme d’étude bibliographique traitant des facteurs influençant l’hypoxie et les conséquences de ces évènements sur les organismes vivants. Les réponses biologiques aux phénomènes hypoxiques sont décrites à quatre échelles spatiales : l’échelle moléculaire, l’échelle physiologique, les réponses au niveau comportemental et enfin les effets de l’hypoxie au niveau écosystémique. La deuxième partie est centrée sur la Garonne et plus particulièrement sur Bordeaux. Cette deuxième partie présente les conditions favorisant l’hypoxie en Garonne et les effets potentiels des hypoxies sur les espèces locales.