Bien que fortement affectées par les activités humaines, les zones riveraines jouent un rôle écologique important et disproportionné au regard de leur superficie. S'il n'est pas toujours possible de restaurer d'importants segments linéaires de cours d'eau, le génie végétal apparait comme une alternative à l'enrochement afin d'augmenter l'intégrité écologique des berges nécessitant des efforts de stabilisation contre l'érosion. Considérant une large diversité de rivières dans les Alpes et le Jura, nous avons évalué la réponse de différents groupes taxinomiques à différentes techniques de stabilisation des berges. Nous avons testé, via des modèles mixtes, l'influence des paramètres environnementaux sur un indicateur de diversité totale : la multidiversité. Plus spécifiquement, nous avons évalué comment la diversité des saules, la diversité des microhabitats aquatiques et l'intégrité écologique de la berge (un indice combinant le degré de végétalisation de l'ouvrage et son âge) influençaient la richesse spécifique de la flore, des carabes et du benthos. Les résultats ont montré un effet structurant fort de l'intégrité écologique sur la multidiversité. La diversité des microhabitats aquatiques influençait plus spécifiquement le benthos alors que la diversité des saules n'avait pas un rôle structurant fort. Au-delà de ces paramètres, la richesse spécifique de plusieurs groupes était fortement influencée par les contextes paysager et climatique. Nos résultats soulignent l'intérêt écologique des techniques de génie végétal et notamment des caissons végétalisés et des fascines pour la biodiversité des compartiments terrestres et aquatiques.