La pollution des écosystèmes aquatiques par le mercure est un problème majeur de la Guyane française, soumis à l'orpaillage illégal intensif depuis de nombreuses années. Au niveau européen, une norme de qualité environnementale pour le biote (NQEbiote : 0,02 mg Hg.kg-1 poids frais) a été définie dans le cadre de la directive cadre sur l'eau (DCE). Ce rapport a pour but d'aider à la mise en place de la NQEbiote en Guyane française par : 1/ si possible, l'identification de sites non pollués par le mercure d'origine anthropique ; 2/ la détermination de concentrations de références en mercure pour l'ichtyofaune associées à ces sites ; 3/ l'identification d'espèces de poissons sentinelles potentielles de cette pollution. Une base de données d'environ 9000 poissons (3000 pour les criques et 6000 pour les fleuves) a été constituée à partir des résultats des programmes de recherche et de surveillance depuis 1993. Les concentrations en mercure mesurées dans le muscle de ces poissons se révèlent presque toujours supérieures à la NQEbiote (100% pour les criques et 89 % pour les fleuves). Peu de zones de références potentielles ont été identifiées sur plus de 200 stations échantillonnées. Ainsi pour les criques, 7 stations réparties sur 6 bassins versants différents présentent des concentrations significativement plus faibles que les autres stations. Sur les fleuves, seulement 2 zones (groupe de stations) ont été identifiées comme références potentielles sur le bassin versant de l'Oyapock. L'analyse de ces données a permis de proposer plusieurs espèces sentinelles, c'est à dire intégratives d'une contamination mercurielle. Pour les criques, il s'agit de Copella carsevennensis, Pyrrhulina filamentosa, Jupiaba (abramoides et keithi), Moenkhausia oligolepis, Pimelodella (cristata, geryi et macturki), Gymnotus carapo et Sternopygus macrurus. Pour les fleuves, 3 genres et espèces ont été retenus : Ageneiosus inermis, Acestrorhynchus (falcatus et microlepis) et Hoplias aïmara. Des recommandations opérationnelles sont proposées pour le suivi de la DCE telles que : i/ échantillonner moins de stations (en privilégiant celles suivies par l'OMS), ii/ espacer la fréquence des suivis (tous les 2 ans), iii/ mais, en contrepartie, augmenter l'effort de pêche sur les espèces sentinelles proposées.