Dans les écosystèmes lacustres, les sédiments et les organismes benthiques jouent un rôle important dans les cycles biogéochimiques et contribuent aux réseaux trophiques. L'évaluation des risques et des effets écotoxicologiques sur les organismes du sédiment repose essentiellement sur l'utilisation de populations modèles (tests de toxicité au laboratoire ou encagement in situ). Compléter ces approches par l'étude des réponses aux contaminants à l'échelle de communautés naturelles permettrait de renforcer la dimension écologique de l'évaluation des risques en considérant les effets sur les diversités phylogénétique et fonctionnelle. Cela ouvrirait de nombreuses perspectives pour mieux évaluer l'impact des contaminants sur les communautés benthiques et leurs conséquences sur le fonctionnement des écosystèmes lacustres. Afin d'évaluer in situ les impacts écotoxicologiques à l'échelle des communautés, une étude collaborative internationale combinant des approches complémentaires d'écologie, d'écotoxicologie et de chimie a été menée sur le lac Léman. La variabilité spatio-temporelle des communautés de sédiment de surface a été étudiée pour huit stations d'échantillonnage réparties sur le lac et exposées à une large gamme de contamination par des métaux et des composés organiques. Les caractéristiques structurelles et fonctionnelles des communautés bactériennes étudiées sont relativement stables dans le temps au sein de chaque site mais diffèrent selon les sites considérés. Pour les communautés bactériennes hétérotrophes, une acquisition de tolérance au cuivre a été mise en évidence suivant le concept du PICT (pollution-induced community tolerance) pour les sites présentant les plus fortes concentrations de cuivre. Pour les communautés d'invertébrés, la distribution relative des espèces sensibles et tolérantes était corrélée aux niveaux de contamination. Ces résultats mettent en évidence la pertinence d'étudier les effets de contaminants à l'échelle des communautés et la complémentarité des différentes mesures de structure et de fonctions déployées pour évaluer la qualité des sédiments dans les lacs et plus généralement pour les sédiments des écosystèmes aquatiques continentaux.